Le CBGP développe des recherches en systématique, génétique et écologie pour des objectifs de gestion des populations et des communautés d'organismes d'intérêt en agronomie ou en santé humaine, et en biodiversité.

Ces recherches visent à élaborer les éléments conceptuels, théoriques, et les outils (moléculaires, modélisation, simulations) nécessaires à la gestion de ces organismes via la mise en place de stratégies de lutte ou de conservation. Les enjeux sont de gérer des communautés en interaction et soumises aux pressions des changements globaux.

Divers modèles biologiques permettent de tester empiriquement les théories et les outils : arthropodes, nématodes et rongeurs, ainsi que les communautés d'organismes qui peuvent leur être associées.

Le CBGP possède une expertise en systématique et entretient des collections et des bases de données en entomologie, acarologie, nématologie et mammalogie. Le développement de nouveaux outils moléculaires permet d'assister l'identification. Le CBGP développe de nombreuses collaborations avec les taxonomistes tropicalistes sur la base de réseaux.